Subauditorat Jawa Timur II mempunyai tugas:
- pada lingkup pemeriksaan Subauditorat Jawa Timur II untuk:
- merumuskan rencana kegiatan;
- mengusulkan tim pemeriksa;
- melakukan pemerolehan keyakinan mutu hasil pemeriksaan;
- mengompilasi hasil pemantauan penyelesaian kerugian negara;
- menyusun bahan penjelasan kepada Pemerintah Daerah dan DPRD tentang hasil pemeriksaan;
- mengevaluasi kegiatan pemeriksaan yang dilaksanakan oleh Pemeriksa BPK, pemeriksa yang bekerja untuk dan atas nama BPK, dan akuntan publik berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan;
- mengompilasi dan mengevaluasi hasil pemeriksaan dalam rangka penyusunan Sumbangan IHPS, baik yang pemeriksaannya dilaksanakan oleh Pemeriksa BPK maupun oleh pemeriksa yang bekerja untuk dan atas nama BPK;
- melakukan pembahasan tindak lanjut hasil pemeriksaan dengan aparat pengawasan intern pada entitas terperiksa;
- memantau pelaksanaan tindak lanjut hasil pemeriksaan;
- menyiapkan bahan perumusan pendapat BPK yang akan disampaikan kepada pemangku kepentingan yang diperlukan karena sifat pekerjaannya; dan
- melakukan pemutakhiran data pada aplikasi Sistem Manajemen Pemeriksaan dan Database Entitas Pemeriksaan.
- menyiapkan bahan penyusunan Laporan Akuntabilitas Kinerja BPK Perwakilan Provinsi Jawa Timur
Lingkup tugas Subauditorat Jawa Timur II:
- Kota Mojokerto
- Kabupaten Mojokerto
- Kabupaten Jombang
- Kabupaten Tuban
- Kabupaten Bojonegoro
- Kota Madiun
- Kabupaten Madiun
- Kabupaten Pacitan
- Kabupaten Ponorogo
- Kabupaten Ngawi
- Kabupaten Magetan
- BUMD dan lembaga terkait di lingkungan entitas