Berdasarkan Pasal 23 E, 23 F dan 23 G Bab VIII A Perubahan Ketiga UUD 1945 ditegaskan bahwa Badan Pemeriksa Keuangan RI selain berkedudukan di Ibukota Negara, juga memiliki Kantor Perwakilan di setiap provinsi di wilayah Indonesia.
Untuk dapat merealisasikan amanat-amanat tersebut di atas, maka di dalam rencana pengembangan Kelembagaan BPK RI TA 2005 ditetapkan pembukaan beberapa Perwakilan baru di ibukota provinsi, diantaranya pembukaan Perwakilan X BPK RI di Surabaya berdasarkan Keputusan BPK RI Nomor 12/SK/I-VIII.3/7/2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana BPK RI. Keputusan tersebut terakhir diubah dengan Keputusan BPK RI Nomor 3/K/I-VIII.2/7/2014 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana BPK. Dalam Keputusan tersebut, nama resmi Kantor Perwakilan BPK di Provinsi Jawa Timur adalah BPK Perwakilan Provinsi Jawa Timur.
Pembukaan BPK Perwakilan Provinsi Jawa Timur secara resmi ditandai dengan pembukaan BPK RI Perwakilan Provinsi Jawa Timur di Surabaya pada tanggal 25 November 2005 oleh Ketua Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia pada saat itu, yaitu Prof. Dr. Anwar Nasution di Jalan Puncak Permai, Surabaya. Selanjutnya pada tahun 2006, kantor BPK RI Perwakilan Provinsi Jawa Timur berpindah ke Jalan Raya Kendangsari No. 45-47. Pada tahun 2008, pindah lagi ke Mess DPRD di Jalan Tenggilis Barat I Blok J1.
Barulah pada tanggal 16 Oktober 2009, Ketua BPK RI Prof. Dr. Anwar Nasution meresmikan Gedung Kantor Perwakilan Provinsi Jawa Timur yang terletak di Jalan Raya Juanda – Sidoarjo.
KEPALA BPK PERWAKILAN DARI MASA KE MASA :
Hingga saat ini, BPK Perwakilan Provinsi Jawa Timur telah mengalami sembilan periode kepemimpinan yaitu:
- Drs. H. Sugiarto (28 Oktober 2005 s.d 28 Februari 2006);
- Koesnindar, SH., CN (29 Mei 2006 s.d 23 November 2006);
- Drs. Zindar Kar Marbun, M.Si (23 November 2006 s.d. 17 Maret 2010);
- DR. Mahendro Sumardjo, M.M (17 Maret 2010 s.d. 21 Januari 2011)
- DR. Heru Kreshna Reza (16 Februari 2011 s.d. 24 Mei 2012)
- Drs. Muzakkir (22 Juni 2012 s.d. 31 Oktober 2015)
- Novian Herodwijanto S.E., M.M, Ak, CA. (9 Februari 2016 s.d. Maret 2018)
- Harry Purwaka S.E., MSF., Ak., CA (4 September 2018 s.d. 30 Januari 2020)
- Joko Agus Setyono S.E., Ak. , CSFA, CPA., CA. (31 Januari 2020 s.d. 4 Agustus 2022)
- Karyadi S.E., M.M., Ak. CA., CFrA, CSFA (4 Agustus 2022 s.d. sekarang)
