Sekretariat Perwakilan mempunyai tugas menyelenggarakan dan mengoordinasikan dukungan administrasi, hukum, hubungan masyarakat dan perpustakaan, protokoler, serta sumber daya untuk kelancaran tugas dan fungsi BPK Perwakilan Provinsi Jawa Timur.
Dalam melaksanakan tugas tersebut, Sekretariat Perwakilan menyelenggarakan fungsi:
- pelaksanaan kegiatan kesekretariatan BPK Perwakilan Provinsi Jawa Timur;
- pengurusan sumber daya manusia, keuangan, serta prasarana dan sarana di lingkungan BPK Perwakilan Provinsi Jawa Timur;
- pemberian layanan di bidang hukum, hubungan masyarakat, teknologi informasi, administrasi umum, keprotokolan, dan perpustakaan di lingkungan BPK Perwakilan Provinsi Jawa Timur;
- penyusunan Laporan Keuangan BPK Perwakilan Provinsi Jawa Timur dan penyiapan bahan penyusunan Laporan Keuangan BPK;
- pemutakhiran data pada aplikasi Sistem Manajemen Kinerja dalam rangka pengukuran Indikator Kinerja Utama (IKU) unit kerja pada lingkup BPK Perwakilan Provinsi Jawa Timur;
- penyimpanan Database Entitas Pemeriksaan (DEP) pada lingkup tugas BPK Perwakilan Provinsi Jawa Timur; dan
- penyiapan bahan penyusunan Laporan Akuntabilitas Kinerja BPK Perwakilan Provinsi Jawa Timur.